Il n'y a pas grand chose à faire avant de vous rendre au Japon, à part bien sur acheter votre billet d'avion et trouver un hébergement. Mais à part ça, il ne faut pas se casser la tête à demander un visa, ni prendre un traitement ni se faire vacciner contre un truc spécifique. Votre passeport en court de validité suffit.

Le seul truc à ne pas oublier si vous souhaitez voir du pays c'est commander votre JR Pass sur internet, qui vous permettra d'utiliser le train (uniquement les lignes JR) de façon illimité pendant  7, 14 ou 21 jours. Vous recevrez chez vous tous les documents nécessaires au retrait de votre pass dans une agence JR une fois arrivés au Japon. Pour cela on vous demandera votre passeport. Voici le site du JR, où vous y trouverez tous les tarifs.

Quand à nous, nous sommes partis avec Air france où nous avions trouvé des tarifs convenables. Nous avons réservé notre hôtel à Kyoto sur hotelbooker (page de l'hôtel), et notre ryokan à Hiroshima sur JapaneseGuestHouses (page du ryokan). On a payé 10% à la réservation et le reste sur place.
Pour l'argent, nous sommes partis avec 3 devises, yens/euros/dollars. Yens pour éviter de galérer à l'arrivée, euros car c'est plus interéssant de changer sur place, et dollars car certaines banques ne font du change qu'avec cette devise. Allez savoir pourquoi. Evitez de faire des retraits aux distributeurs, vous allez payer plus cher que si vous allez changer du liquide. Pour les achats en CB, faites attention ils mettent parfois du temps avant de débiter. On m'a débité comme ça un achat plus d'un mois après que nous soyons rentrés. Je pensais qu'ils avaient oublié, mais non...